微波是100MHz～100000MHz波段的電磁波，以微波殺菌的溫度場與電磁場相比較，電磁場是細菌致死的主要因素，特別是在較低溫度時。實驗給人們一種啟示，充分利用變化的電磁場將能獲得一種新的、在較低溫度下殺菌的手段和技術，開創既能殺菌又能保持食品風味和品質的有效殺菌途徑。一般而言電磁場殺菌是指104~1011Hz頻率段的電磁場。電磁場在殺菌過程中表現出來的“非熱因素成為細菌致死的主導因素”打破了常規加熱殺菌的格局，細菌欲生存而需抗爭的對象改為“電磁力”。對于脈沖電磁場殺菌的機理有多種假說。歸納起來，脈沖電磁的殺菌機理主要表現在以下兩個方面：電場作用：分子主要生物學的研究表明，生物體內的大多數分子和原子是具有極性（等效電偶極子）和磁性（分子電流模型）的，因此外加電磁場必然會對生物產生影響或作用。在外加電磁場的作用下，電偶極子和分子電流會隨著電磁場的方向取向。在靜電磁場中，只是建立一個新的終極狀態；但在時變電磁場中，電偶極子和分子電流會隨著電磁場的變化而振動。顯然，不同強度分布的外加電磁場對不同生物的影響程度是不同的。醫學界在研究中發現細胞體在電磁場中有異常表現，典型的表現是對電磁波的應答現象。這種生物應答現象發生在遠離平衡狀態，生物體對滿足一定條件的電磁場的影響是非線性的，并表現出頻率特異性功能和功率特異性。效應的能源有時來自生物系統內部，外部電磁場只是起到觸發作用。細胞是最基本的生命單元，在細胞中，細胞膜是研究得最多的部分。每個細胞膜內外都有一定的電位差，在外加電場的作用下，膜內外的電位差會增大，通透性會增加，細胞發生滲透， 繼續適度處理，當電磁場達到一定值（E>EO,H>HO）時，細胞膜就發生不可修復的破裂，這種現象稱為電穿孔。同時，由于電磁場是變化的，在極短的時間內，電磁場的頻率、強度都會發生極大的變化，在細胞膜上產生振蕩效應。不可逆的電穿孔和激烈的振蕩效應能使細胞破裂，這種破裂導致細胞結構紊亂，從而達到殺死細胞的目的，進而殺死細菌。電離作用:變化電磁場的介電阻斷性對食品的微生物具有抑制作用。在外加電磁場的作用下，食品空間中的帶電粒子將產生高速運動，撞擊食品分子，使食品分子分解，產生陰、陽離子，同時，電解質電解出陰、陽離子。這些陰、陽離子在強電磁場的作用下極為活躍，穿過本來就已提高通透性的細胞膜，與微生物內的生命物質如蛋白質、RNA作用，因而阻斷了細胞內正常生化反應和新陳代謝的進行。另外，電磁場能夠使水分子的氫氧鍵斷裂，在水中生成過量的超氧陰離子自由基、過氧化氫及自由質子。而過氧化氫有強烈的氧化作用，作用于生物分子，會破壞DNA，導致細胞死亡。液體介質中電離作用產生的臭氧同樣有強烈的氧化作用，能與細胞內物質發生一系列反應。以上兩種作用的聯合構成了殺死細菌體的主要因素。