發酵罐 的清洗是非常重要的，但是很多人不太會，不但沒有清洗干凈，反而可能導致更惡劣的后果。
1.發酵過程會產生大量的蛋白質 、酒花樹脂、多糖、酵母等有機物和草酸鈣、硫酸鹽等無機物，在發酵罐清空后，有機物和無機物污物附著在罐壁上，呈黃褐色。酒石數量多時，表面呈現白色，如同鹽堿地表皮一樣，無機物與有機物相互交織在一起。
清洗時使用火堿，只是對去除有機物有作用，清洗溫度達到80℃以上，才會有較好的清洗效果。
清洗時采用單一的硝酸進行清洗，只是對無機物有一定效果，對有機物幾乎無效。而發酵 罐壁所結污物為無機物和有機物的混合物，使用單一清洗劑清洗困難。因此，有的啤酒廠每年都會對發酵罐進行一次大清洗，徹底清刷發酵罐。
2.發酵罐壁T541防腐層部分損壞，經修補后，表面光潔度明顯下降，造成罐壁污物清洗困難。
3.洗罐器或洗球的磨損或堵塞，導致部分發酵罐清洗不徹底，污物積累較多。
諸多因素會致使發酵罐經過幾年的使用后，會產生很多臟物質，比如罐壁積累了一定量的污物，使用常規清洗工藝難以徹底清除。故每4至5年，可利用生產淡季對發酵罐進行深度清洗。這是最好的方法。