10月11日,華大基因子公司CompleteGenomics(CG)與個人基因組計(jì)劃項(xiàng)目(PGP)共同發(fā)布了過百人的實(shí)驗(yàn)單體型定相全基因組測序結(jié)果,是目前最大的有全面實(shí)驗(yàn)確認(rèn)單體型的高覆蓋度全基因組組裝。
“絕大多數(shù)現(xiàn)有的基因組數(shù)據(jù)都沒有實(shí)驗(yàn)獲得的單體型。”CG高級研究主任和項(xiàng)目主導(dǎo)人BrockPeters博士解釋道。“這是一組非常獨(dú)特的數(shù)據(jù),會通過開放數(shù)據(jù)發(fā)表方式免費(fèi)提供給所有人使用。”
PGP共招募了184人參與這個項(xiàng)目。每個人都同意將他們的身份、基因組及其表型數(shù)據(jù)免費(fèi)公開獲取。血樣由PGP團(tuán)隊(duì)收集并送到CG進(jìn)行DNA分離、LFR(長片段閱讀技術(shù))文庫生成和全基因組測序。目前已經(jīng)有114個基因組組裝序列可以使用,其余的預(yù)計(jì)將會在接下來的幾個月內(nèi)公布。
作為基因組數(shù)據(jù)發(fā)布的一部分,CG和PGP還在開放期刊GigaScience上發(fā)表了關(guān)于此數(shù)據(jù)的描述和全面的數(shù)據(jù)質(zhì)量分析。
CG首席科學(xué)家RadojeDrmanac博士表示,2011年免費(fèi)提供了69組全基因組測序數(shù)據(jù),這組數(shù)據(jù)被迅速廣泛使用,并成為了遺傳學(xué)領(lǐng)域的基準(zhǔn)和資源。“我們很榮幸能夠延續(xù)傳統(tǒng),發(fā)表這組實(shí)驗(yàn)單體型全基因組組裝集。這代表了目前可獲取的最大最準(zhǔn)確的人類單體型。”
據(jù)介紹,早在2012年CG就在Nature上發(fā)表過LFR技術(shù),結(jié)果顯示基因組質(zhì)量和完整性都非常之高。這次GigaScience上發(fā)表的結(jié)果也再一次證明LFR的精準(zhǔn)性和完整性。每個樣品都是以100X的覆蓋率進(jìn)行測序,能夠高準(zhǔn)確度地檢測出大多數(shù)變異,且98%以上的雜合變異位于接近1Mb的長組裝區(qū)域。平均來說,85%以上的單體型不含錯誤,剩下15%的大部分只含單個定相誤差。
標(biāo)簽:單體型定相全基因組
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