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最大規模高質量人類基因組深度測序完成

作者: 2016年07月27日 來源:化工儀器在線 瀏覽量:
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基因組先鋒CraigVenter領導的研究小組已經對超過1萬人的基因組進行了深度測序,這也許是迄今為止最大規模的高質量測序研究。他們精細定位了個體基因組的差異,并展示了哪些突變特別容易引起疾病。     在這項研究

 基因組先鋒CraigVenter領導的研究小組已經對超過1萬人的基因組進行了深度測序,這也許是迄今為止最大規模的高質量測序研究。他們精細定位了個體基因組的差異,并展示了哪些突變特別容易引起疾病。
  
 在這項研究中,研究小組對10,545個基因組進行了測序,每個的測序深度在30-40倍。研究人員報告稱,84%的基因組被自信地測序,這個區域包含了92.5%的已知致病變異。每個新測序的基因組平均含有8,579個之前未知的變異,有些涉及到疾病,有些不涉及。此外,每個基因組大約含有70萬個標準參考基因組中沒有的DNA堿基。
 
 “我們的工作代表了目前深度測序人類基因組的最大努力,”研究稱。“這項研究鑒定出超過1.5億個變異,其中大多數是罕見且未知的。此外,這些數據發現了基因組中高度不耐受變異的位點,這對健康而言可能是至關重要的。”
  
 這項研究于7月1日發表在BioRxiv網站上,CraigVenter是資深作者。HumanLongevity公司和J.CraigVenter研究所的科學家參與了這項工作。BioRxiv是一個預印本服務器,讓人第一時間了解快速發展的生命科學領域的研究。
  
 據《圣地亞哥聯合論壇報》報道,Venter拒絕接受采訪,因為同行評審和出版過程尚未完成。不過,其他科學家在讀過這項研究后表示,他們留下了深刻的印象。
  
 加州大學舊金山分校的AtulButte博士認為,這項研究的規模以及基因組的質量,讓人印象深刻。他認為,這種“深度測序”可獲得醫療級別的基因組,對臨床應用而言足夠可靠。這些基因組提供了有用的參考數據集,可用于未來個體基因組的比較。
  
 SanfordBurnhamPrebysMedicalDiscovery研究所的罕見病研究人員HudsonFreeze表示,這是他所知道的第一項高質量的大規模基因組研究。“收集1萬多人的基因組并測序,這需要很大的勇氣,”Freeze說。“只有CraigVenter,擁有勇氣、財力和技術訣竅去完成這件事。”
  
 Scripps轉化醫學研究所的基因組信息學主任AliTorkamani認為,這項研究將對基因組的了解延伸到外顯子組以外,“為臨床上所有重要的區域提供了一幅更完整圖像”。不過,它的最大限制是缺乏身體健康方面的數據。
  
 對于后續研究,Torkamani建議研究人員關注其他變異,而不僅僅是這項研究關注的SNP(單核苷酸變異)。“盡管SNP是人類基因組中最豐富的變異類型,但還有許多臨床相關的變異,沒有在這項研究中討論,尤其是插入缺失、拷貝數變異及其他類型的結構變異,”Torkamani說。

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