高效液相色譜系統由許多關鍵技術指標，如噪聲、檢測限、穩定性和重復性等。使用者對這些技術指標要經常定期檢測，最好是每一個季度檢查一次，最少一年要檢查一次。如果發現那個技術指標有問題，用戶不要輕舉妄動，應該馬上請液相色譜儀廠家的維修工程師來維修，以保證儀器始終工作在較佳狀態，保證分析測試結果的可靠性。

一些使用者已經發現儀器出現問題，但是還堅持讓它工作。這樣做，一方面儀器分析測試的數據不可靠，另一方面也容易進一步損壞儀器，降低使用壽命。

此外，高效液相色譜儀應安裝在太陽不能直接照曬到的地方，以免紫外光線太強，影響儀器的使用效果和使用壽命，同時還應注意防止機械部件生銹，保證儀器的干濕度合理。

對于高效液相色譜儀的許多轉動部件，如往復泵、檢測器的光柵掃描機構、狹縫的傳動機構、紫外檢測器的氘燈和光源轉換結構等。使用者對這些活動部件應經常加一些高檔鐘表油，以保證其活動自如運轉。有些部件使用者不易觸及的，可請液相色譜儀生產廠家的維修工程師或有經驗的科技人員幫助完成維護，自己切勿亂動。